えん下障害は、えん下に関連する組織、器官（歯・舌・口唇・軟口蓋・咽頭・喉頭など）の器質的あるいは機能的障害を起こす様々な疾患により引き起こされる。 その他、精神疾患、加齢現象などでも引き起こされる可能性がある。
咽頭、喉頭、食道など局所の腫瘍・炎症性疾患
脳血管障害、脳腫瘍、頭部外傷、脳炎などに伴う中枢神経障害
パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症などの変性疾患
ギランバレー症候群などの末梢神経障害
筋ジストロフィー、重症筋無力症などの神経筋疾患
肺炎などの呼吸器疾患
薬剤による副作用
認知症、うつ病、うつ状態
注意力障害などの高次脳機能障害
う歯、義歯の問題
頭頸部、食道の放射線治療の後遺症、手術後の障害
気管切開、挿管、手術後の後遺症
加齢に伴う変化 （唾液量の減少、味覚、粘膜の感覚障害。喉頭の解剖学的下降、可動性の低下など）
など
